נולד בבגדאד לרבי משה ישועה. בילדותו, הכניסו אביו ללמוד ב"מדרש בית תלמוד תורה". כשהשלים שם את חוק לימודיו, עבר ללמוד בישיבת "מדרש בית זילכה".

בהיותו בן שבע עשרה שנה בלבד, זכה להיסמך לרב ומורה הוראה על ידי רבי עבדאללה סומך, והיה לאחד מגדולי התורה בבגדאד.

כבר בגיל צעיר הוא נמשך, בעיקר, ללמוד קבלה ולכן פנה לראש קהילת בגדד, הרב יוסף חיים, גדול המקובלים בדורו, וזה לימדו קבלה.

רבי יהודה היה עושה "תקוני נפש" לנפטרים ודיבוקים - דיבר עם שדים, על מנת להוציאם מגוף האדם, וזאת על פי הקבלה. חכם יהודה היה בקי בפתרון חלומות, ורבים השכימו לפתחו, כדי שזה יאציל עליהם מברכותיו.

בשנת תרצ"ד (1933) עלה הרב לארץ ישראל, והתיישב בירושלים עד יומו האחרון.

נפטר בכ"ז באב ה'תש"ב 1942 ונטמן בנקודה הגבוהה ביותר בחלקה הבבלית בבית הקברות בהר הזיתים.